Existe en Francia una leyenda acerca de este símbolo: Un ángel le regaló a Clovis, el rey Merovingio de los Francos, un lirio de oro como símbolo de su purificación por su conversión al Cristianismo. Otros dicen que Clovis adoptó el símbolo cuando los lirios de agua le mostraron el camino para cruzar con seguridad un río y ganar una batalla.

En el siglo XII, el rey Luis VI fue el primer monarca francés en usar la flor de lis en su escudo. Los reyes ingleses usaron más tarde el símbolo en sus armas para enfatizar sus reclamaciones sobre el trono de Francia. En el siglo XIV, la flor de lis fue a menudo incorporada en las insignias de familia que eran cosidas en el manto del caballero, que era usado por su propietario sobre la cota de mallas, de ahí el término "manto de armas". El propósito original de identificación en batalla derivó en un sistema de designación social de estatus después de 1483, cuando el rey Edmund IV estableció el Colegio de Heráldica para supervisar los derechos del uso de las insignias de armas.

Santa Juana de Arco llevaba un estandarte blanco que mostraba a Dios bendiciendo el emblema real francés: "la flor de lis", cuando guió las tropas hacia la victoria sobre los ingleses en ayuda del Delfín, Carlos VII, en su lucha por el trono francés.

La Iglesia Católica Romana utiliza el lirio como un emblema especial de la Virgen María. Debido a sus tres "pétalos", la flor de lis también ha sido usada para representar la Santísima Trinidad.

También los cartógrafos la utilizaron en sus mapas como símbolo para indicar el norte y unidades militares, incluyendo divisiones del ejército de los Estados Unidos, han usado la "flor de lis" como símbolo del poder marcial y la fortaleza.